Cluis était séparé en deux fiefs avant sa réunification par Gabriel de Montaignac qui racheta les deux. La première fois que Cluis Dessous  a été mentionné ce fut en 1001. Au XIIème siècle c'est Chauvigny qui possède les lieux, puis les Bourbons, qui y firent des renforcements tels que des murailles et des tours. Une chapelle qui avait été détruite, fut reconstruite et rénovée par le propriétaire suivant, Alfred Dauvergne. Puis en 1767 Cluis Dessous et Cluis Dessus furent réunit par Gabriel de Montaignac, alors que la forteresse commençait déjà à se détériorer.
Aujourd'hui le site de Cluis Dessous est aussi appelé les ruines de Cluis et des travaux de sauvegarde sont en cours.