L’origine de Fontgombault remonte au Xe siècle, lorsqu’un ermite, dénommé Gombault s’installe dans une grotte, non loin d’une fontaine, sur la rive gauche de la Creuse.

En 1091, l’ermite Pierre de l’Étoile fonde sur la rive droite de la rivière un monastère de l’ordre de Saint-Benoît, qui connaît une période de prospérité jusqu’au milieu du XIVe siècle. En effet, pendant la guerre de Cent Ans, l’Abbaye, située dans la zone des combats, est occupée peu après 1360 par les troupes anglaises. Celle-ci ne sera délivrée qu’en 1369 par les troupes bretonnes alliées aux Français.

En 1569, elle est pillée puis incendiée lors des guerres de Religion, conflits qui opposaient catholiques et protestants. Les archives sont irrémédiablement détruites et le clocher s’effondre. La nef restera en ruines pendant plus de 100 ans.

En 1741, sur décision de l’archevêque de Bourges, la communauté bénédictine est remplacée par des Lazaristes. A la Révolution française, les bâtiments et les domaines sont vendus comme bien nationaux. Les ruines de l’église servent alors de carrière de pierres. En 1849, elle est acquise par des moines Trappistes qui s’efforcent de la réhabiliter en entretenant le domaine agricole et en y fondant en 1899 une distillerie de kirsch.

À la suite des lois anti-congrégations de 1904, l’Abbaye est mise en vente puis achetée par Louis Bonjean qui y installe une boutonnerie coopérative. Lors de la première guerre mondiale, le lieu est transformé en hôpital militaire belge pour les soldats convalescents.

En 1948, des moines de l’Abbaye de Solesmes (Sarthe) font renaître la vie monastique telle que nous la connaissons aujourd’hui.